| fastp version: | 1.0.1 (https://github.com/OpenGene/fastp) |
| sequencing: | single end (21807 cycles) |
| mean length before filtering: | 2969bp |
| mean length after filtering: | 2817bp |
| duplication rate: | 0.025730% (may be overestimated since this is SE data) |
| Detected read1 adapter: | CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGAC ->I7_Nextera_Transposase_1 | >Trans2_rc | >I7_Nextera_Transposase_1 | >Trans2_rc |
| total reads: | 34.979000 K |
| total bases: | 103.864314 M |
| Q20 bases: | 103.292604 M (99.449561%) |
| Q30 bases: | 102.499723 M (98.686179%) |
| Q40 bases: | 101.080570 M (97.319826%) |
| GC content: | 48.355819% |
| total reads: | 34.579000 K |
| total bases: | 97.411547 M |
| Q20 bases: | 97.257045 M (99.841393%) |
| Q30 bases: | 97.027988 M (99.606249%) |
| Q40 bases: | 96.588161 M (99.154735%) |
| GC content: | 48.323775% |
| reads passed filters: | 34.579000 K (98.856457%) |
| reads with low quality: | 1 (0.002859%) |
| reads with too many N: | 0 (0.000000%) |
| reads too short: | 399 (1.140684%) |
| Sequence | Occurrences |
| CTGTC | 24 |
| CTGTCT | 11 |
| CTGTCTCTTATACAC | 16 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACG | 8 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCAAC | 10 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCAACAGATACA | 12 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCAACGTCATTA | 16 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCAACAGATACATC | 22 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCAACGTCATTATC | 42 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCAACAGATACATCT | 6 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCAACGTCATTATCT | 9 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCAACGTCATTATCTCGTAT | 5 |
| other adapter sequences | 318 |
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Value of each position will be shown on mouse over.
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Value of each position will be shown on mouse over.
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Darker background means larger counts. The count will be shown on mouse over.
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