| fastp version: | 1.0.1 (https://github.com/OpenGene/fastp) |
| sequencing: | single end (26739 cycles) |
| mean length before filtering: | 2796bp |
| mean length after filtering: | 2659bp |
| duplication rate: | 0.038903% (may be overestimated since this is SE data) |
| Detected read1 adapter: | CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGAC ->I7_Nextera_Transposase_1 | >Trans2_rc | >I7_Nextera_Transposase_1 | >Trans2_rc |
| total reads: | 195.356000 K |
| total bases: | 546.323024 M |
| Q20 bases: | 543.173070 M (99.423426%) |
| Q30 bases: | 539.094823 M (98.676936%) |
| Q40 bases: | 532.110009 M (97.398423%) |
| GC content: | 44.596601% |
| total reads: | 192.797000 K |
| total bases: | 512.723298 M |
| Q20 bases: | 511.815677 M (99.822980%) |
| Q30 bases: | 510.606707 M (99.587186%) |
| Q40 bases: | 508.429184 M (99.162489%) |
| GC content: | 44.574084% |
| reads passed filters: | 192.797000 K (98.690084%) |
| reads with low quality: | 10 (0.005119%) |
| reads with too many N: | 0 (0.000000%) |
| reads too short: | 2.549000 K (1.304797%) |
| Sequence | Occurrences |
| CTGTC | 153 |
| CTGTCT | 48 |
| CTGTCTCTTATACAC | 62 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACG | 44 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACAAGAACGATGA | 63 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACAAGAACGATGATC | 73 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACAAGAACGATGATCT | 26 |
| other adapter sequences | 1070 |
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Value of each position will be shown on mouse over.
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Darker background means larger counts. The count will be shown on mouse over.
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