| fastp version: | 1.0.1 (https://github.com/OpenGene/fastp) |
| sequencing: | single end (30231 cycles) |
| mean length before filtering: | 3325bp |
| mean length after filtering: | 3135bp |
| duplication rate: | 0.016987% (may be overestimated since this is SE data) |
| Detected read1 adapter: | CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGAC ->I7_Nextera_Transposase_1 | >Trans2_rc | >I7_Nextera_Transposase_1 | >Trans2_rc |
| total reads: | 88.305000 K |
| total bases: | 293.635885 M |
| Q20 bases: | 291.813970 M (99.379533%) |
| Q30 bases: | 289.316599 M (98.529033%) |
| Q40 bases: | 284.883513 M (97.019311%) |
| GC content: | 45.989064% |
| total reads: | 87.202000 K |
| total bases: | 273.459166 M |
| Q20 bases: | 272.978578 M (99.824256%) |
| Q30 bases: | 272.289288 M (99.572193%) |
| Q40 bases: | 270.980809 M (99.093701%) |
| GC content: | 45.959150% |
| reads passed filters: | 87.202000 K (98.750920%) |
| reads with low quality: | 2 (0.002265%) |
| reads with too many N: | 0 (0.000000%) |
| reads too short: | 1.101000 K (1.246815%) |
| Sequence | Occurrences |
| CTGTC | 67 |
| CTGTCT | 32 |
| CTGTCTCTT | 11 |
| CTGTCTCTTATACAC | 24 |
| CTGTCTCTTATACACATCTGA | 11 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACG | 27 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGAC | 14 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACC | 10 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGCCGATGATA | 95 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGCCGATGATAT | 13 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCAACGTCATTATC | 10 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGCCGATGATATC | 79 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGCCGATGATATCT | 49 |
| CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGCCGATGATATCTCGTATGC | 24 |
| other adapter sequences | 465 |
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Value of each position will be shown on mouse over.
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Darker background means larger counts. The count will be shown on mouse over.
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